Mesjid Mujahidin berdiri megah dengan bangunan dua lantai dikelilingi halaman parkir nan luas di Jalan Ahmad Yani Pontianak, dengan dominasi dinding yang berwarna putih dengan hiasan ornament warna emas ini menjadi pusat kegiatan umat Islam Kota Khatulistiwa sekaligus kebanggaan masyarakat kota Pontianak. Semua ini tak terlepas dari proses dan sejarah yang panjang. Sebelum masjid ini berdiri kokoh, mulanya dibentuk sebuah yayasan yang diberi nama Yayasan Mujahidin pada tahun 1953. Nama “Mujahidin” diusulkan oleh Achmad Mawardi Djafar dengan maksud untuk mengabadikan perjuangan kaum muslimin dalam mempersembahkan kemerdekaan Indonesia, khususnya di Kalimantan Barat. Mujahidin berasal dari bahasa Arab yang berarti pejuang, atau Orang yang berjuang demi menegakkan Agama Islam.
Ada enam orang yang menjadi pendiri pertama Yayasan Mujahidin, mereka adalah H Achmad Mashur Thahir [pengusaha terkemuka], Mohamad Saad Karim [Kepala Kantor Urusan Agama Kabupaten Pontianak], Merah Kesuma Indra Mahyuddin [pengusaha terkemuka], Achmad Mawardi Djafar [Koordinator Penerangan Agama Daerah Kalimantan Barat], Gulam Abas [pengusaha] dan Mohamad H Husein [pengusaha]. Dengan berbekal modal Rp. 1000 (seribu rupiah) pada masa itu, yayasan didirikan dengan tujuan utama yaitu mendirikan sebuah masjid. Setelah melalui proses yang cukup panjang, pada tahun 1974, batu pertama pembangunan masjid Mujahidin di letakkan. Ketika itu, biaya pembangunan yang digunakan berasal dari sumbangan kaum muslimin serta dana dari APBD Kalimantan Barat Tahun Anggaran 1975-1976. Beberapa orang yang ikut andil dalam pembangunan masjid, diantaranya; Ir Daeng Arifin Hadi dan Ir Said Djafar, arsitek Kalimantan Barat, yang merupakan koordinator pengerjaan fisik masjid, Ir Said Djafar sebagai perancang bangunan dan pengerjaan bangunan dilakukan oleh PT Barata Jakarta yang dipimpin oleh Ir Muchlis Hadi.
Pembangunan masjid raya Mujahidin selesai pada 1978. Artinya, dibutuhkan waktu 30 tahun untuk mendirikan masjid ini sejak inisiatif awal pembangunan pada tahun 1953 (dengan dibentuknya Yayasan Mujahidin). Pada tanggal 23 Oktober 1978 atau 20 Zulkaidah 1398, masjid ini pertama kali diresmikan oleh Presiden RI pada saat itu, Soeharto. Tanggal peresmian ini bertepatan dengan Hari Jadi kota Pontianak yang ke 207.
Bertahun-tahun berlalu, pada bulan November 2011 atau tiga puluh tahun sejak di resmikan Presiden Soeharto pada tahun 1978, Masjid Raya Mujahidin mengalami renovasi besar yang pembangunannya diketuai oleh tokoh masyarakat Kalimantan Barat, Oesman Sapta Odang. Bangunan masjid juga dibuat bertingkat dua dengan luas 60 meter x 60 meter di atas lahan seluas kurang lebih 4 hektar. Terdapat kubah besar bewarna keemasan. Kawasan parkir juga diperluas. Kondisi yang baru ini, masjid Raya Mujahidin dapat menampung hingga 9 ribu jamaah. Halaman luar masjid pun juga bisa menampung kurang lebih sebanyak 1.600 mobil jamaah yang akan beribadah di masjid Raya Mujahidin.
Mesjid Mujahidin menjadi simbol perjuangan dan pergerakan umat Islam Kalimantan Barat dalam mengisi pembangunan, masjid yang memakan dana puluhan milyar ini menjadi salah satu pusat penyebaran agama Islam di Kalimantan Barat dan wisata religi serta tempat pertemuan beberapa ormas Islam di Pontianak. Pada awal tahun 2015, renovasi masjid terbesar di Kalimantan Barat ini selesai dan kembali diresmikan oleh Presiden RI, Ir. H. Joko Widodo pada hari Selasa, 20 Januari 2015 (29 Rabiul Awal 1436 H).
